Prvi let na Aerodromu Niš kod Trupalskih šuma obavljen je 1.maja 1935.godine kada je prvi srpski nacionalni avio-prevoznik „Aeroput“ leteo na ruti Beograd – NIŠ -Skoplje – Bitolj – Solun.
„Aeroput“ poslednji let iz Niša obavio na liniji Beograd – Niš. Nakon toga su letovi obustavljeni zbog izbijanja II sv. rata.
Nakon završetka II sv. rata na današnjoj lokaciji 1952.godine izgrađena je betonska poletno-sletna staza.
Novi nacionalni avio-prevoznik Jugoslovenski Aerotransport (JAT) uspostavlja redovni avio-saobraćaj iz Niša gde nastavlja da prevozi putnike tako gde je stao „Aeroput“ 1939.godine. Zajedno sa Pan Adria-om leti do Dubrovnika, Tivta i Splita.
U periodu od 1972. do 1985.godine čelni ljudi grada Niša donose odluku o osnovanju preduzeća za vazdušni saobraćaj Aerodrom Niš. U periodu od 1985. do 1986. godine izvode se radovi na izgradnji putničkog terminala, rulne staze, platforme i tehničkog bloka, da bi se nakon toga uz dosta poteškoća svečano otvorio za vazdušni saobraćaj.
Aerodrom Niš uz veličanstven aeromiting i prisustvo desetine hiljada Nišlija svečano je otvoren za vazdušni saobraćaj 12.oktobra 1986.godine sletanjem prvog mlaznog aviona JAT-a, tipa B737-300 (registarske oznake YU-ANI), na liniji iz Beograda sa tadašnjim zvanicama. Prvi putnički let realizovan je iste večeri i to avionom tipa DC-9 na liniji Beograd – NIŠ – Beograd.
Još jedna jugoslovenska avio-kompanija, Inex-adria, 1987.godine uspostavlja letove sa našeg aerodroma koja je letela paralelno sa JAT-om. Do 1990. godine Inex-adria sa našeg aerodroma je letela do nekoliko domaćih i stranih destinacija i to do Ljubljane, Zagreba, Splita, Londona i Ciriha.
Sa našeg aerodroma JAT je leteo ka 10-tak destinacija širom Evrope, sem u vreme sankcija, i to do Beograda, Tivta, Ciriha, Ljubljane, Londona, Zagreba, Dubrovnika, te do Diseldorfa i Štutgarta preko Beograda odnosno Hamburga preko Zagreba. Najveći jugoslovenski čarter avio-prevoznik Aviogenex sa Aerodroma Niš leteo do Tivta, Dubrovnika i Ciriha.
Zbog rekontrukcije piste na aerodromu Sofija u Bugarskoj, nemački i austrijski nacionalni avio-prevoznici, Lufthansa i Austrian Airlines, na par meseci leteli su sa našeg aerodroma ka Frankurtu, Minhenu i Beču.
Tokom 78 dana NATO agresije na SR Jugoslaviju, naš aerodrom nije ostao pošteđen napada od strane agresora. Poletno-sletna staza pogođena je 57 puta, dok su ostale manevarske površine i putnički terminal značajno oštećeni.
Vlada Norveške i Grad Niš nalaze način da avio-saobraćaj sa našeg aerodroma ponovo zaživi, te je zahvaljujući donaciji Norveške poletno-sletna staza rekonstruisana i produžena, izgrađen je novi kontrolni toranj i sanirana su oštećenja na drugim objektima, te je dograđen i putnički terminal. 12.oktobra 2003.godine Aerodrom Niš je ponovo otvoren za vazdušni saobraćaj sletanjem aviona JAT-a, tipa B737-300, na liniji iz Beograda.
Zajedno sa Jat Airways-om (nekadašnji Jugoslovenski aerotransport (JAT)) Montenegro Airlines je do 2006.godine povezivao naše putnike sa Cirihom odnosno 2009.godine do Tivta. Sa druge strane Jat Airways leteo je do Ciriha, Tivta, Herakliona, Bodruma i Antalije.
Britanski turoperateri u saradnji sa brinatanskom avio-kompanijom Thomson sa našeg aerodroma leteo je ka Londonu tokom zimske sezone gde su britanski turisti skijali na Kopaoniku.
Čarter avio-prevoznik Freebird Airlnes sa našeg aerodroma tokom letnje sezone uspostavlja letove ka Antalije. U okviru Air.net projekta italijanski avio-prevoznik Mistral Air leteo je do Trsta.
Nakon što je grad Niš ukinuo subvencije Montenegro Airlines-u krajem 2013.godine, tokom 2014. godine vode se intezivni pregovori sa mađarskim niskotarifni avio-prevoznikom Wizz Air o pokretanju prvih letova iz Niša. Potpisivanjem prvog komercijalnog ugovora krajem 2014.godine, sredinom 2015.godine Wizz Air pokreće prve letove sa našeg aerodroma ka Malmeu i Bazelu.
Najveći niskotarifni avio-prevoznik iz Irske, Ryanair, krajem 2016.godine uspostavlja svoje prve letove sa našeg aerodroma i to do Berlina, Milana odnosno aerodroma Bergamo, Bratislave i Diseldorfe odnosno aerodromu Vece. Tokom ove godine Wizz Air uvodi linije ka Dortmundu, Ajndhovenu i Memingenu.
Nakon 8 godina, ali po prvi put, švajcarski nacionalni avio-prevoznik SWISS uspostavlja letove do Ciriha, a nekoliko meseci kasnije i druga švajcarska avio-kompanija Germania Flug takođe uspostavlja letove do ove destinacije ka kojoj leti do kraja letnje sezone. Tokom ove godine prošireni su i modernizovani šalteri za registraniciju putnika i saniran je krov i fasada putničkog terminala. Ryanair uveo je krajem godine novu liniju ka Stokholmu.
